Chúng ta đã biết rằng, dựa vào sự phát triển của xương sọ, tức là mối quan hệ giữa sự phát triển và biến đổi của lỗ thái dương, các nhà khoa học đã phân loại lớp bò sát thành bốn nhánh phụ: nhánh phụ không lỗ, nhánh phụ đơn lỗ, nhánh phụ rộng lỗ và nhánh phụ đôi lỗ. Trên cơ sở này, các nhà khoa học đã phân loại bò sát thành các cấp thang phân loại chi tiết hơn, giống như cây phả hệ phản ánh mối quan hệ huyết thống giữa các loại bò sát. Trong đó, phân loại nhánh phụ và bộ là như sau:
1. Nhánh phụ không lỗ, còn gọi là nhánh phụ không lỗ, đặc trưng là không có lỗ thái dương. Bao gồm ba bộ:
Rùa nguyên thủy – một loại rùa cổ
Bộ cupuliformis: Là nhóm bò sát nguyên thủy xuất hiện vào đầu kỷ Perm, đã tuyệt chủng vào cuối kỷ Trias.
Bộ rùa: Là con cháu trực tiếp của bộ cupuliformis, đã sống từ kỷ Perm đến nay và phát triển được lớp vỏ bảo vệ trong quá trình tiến hóa.
Bộ trung long: Vị trí phân loại chưa rõ ràng, hiện để tạm.
2. Nhánh phụ đơn lỗ, còn gọi là nhánh phụ lỗ dưới, đặc trưng là chỉ có một lỗ thái dương bên, được cấu tạo bởi xương sau mắt và xương vảy. Bao gồm hai bộ:
“Bức tường chín rồng” trong Bảo tàng Động vật Cổ Trung Quốc, hóa thạch là thú Kenhs, là một thành viên của bộ thú lỗ.
Bộ panlong: Thời gian giới hạn chỉ trong kỷ Perm của các bò sát đơn lỗ nguyên thủy.
Bộ thú lỗ: Là một nhóm lớn các bò sát giống thú từng thịnh vượng từ giữa kỷ Perm đến kỷ Trias, trong đó một số nhánh cuối cùng đã tiến hóa thành động vật có vú.
3. Nhánh phụ rộng lỗ, còn gọi là nhánh phụ lỗ điều chỉnh, đặc trưng là chỉ có một lỗ thái dương trên, được cấu tạo bởi xương sau mắt và xương vảy. Bao gồm bốn bộ:
Bộ nguyên long: Là một nhánh phát triển sớm từ bộ cupuliformis trong kỷ Perm, đã tuyệt chủng trong kỷ Trias do thất bại trong cạnh tranh với các nhánh đôi lỗ.
Bộ thằn lằn vây: Gồm các loài thuộc nhóm hóa thạch hình thằn lằn và loài rắn cổ, một trong những bá chủ đại dương trong kỷ Mesozoic.
“Cá sấu Bắc Hằng” – một loài trong bộ thằn lằn vây
Bộ khiên răng: Thời gian giới hạn chỉ trong đầu kỷ Trias là các bò sát sống ở vùng ven biển ăn các loài có lớp vỏ sống dưới đáy.
Bộ cá long: Xuất phát từ bộ cupuliformis vào giữa kỷ Trias và tiếp tục cho đến kỷ Creta, thích nghi hoàn hảo với cuộc sống biển.
4. Nhánh phụ đôi lỗ, còn gọi là nhánh phụ lỗ đôi, đặc trưng là có hai lỗ thái dương, được phân tách bởi xương sau mắt và xương vảy. Bao gồm tám bộ:
Bộ thủy khổng: Là nhánh đôi lỗ từ kỷ Perm đến kỷ Trias, tất cả các nhánh đôi lỗ khác đều xuất phát từ các loại khác nhau trong bộ này.
Bộ mỏ quạ: Xuất hiện vào đầu kỷ Trias và đã phân bố trên toàn thế giới, nhưng từ kỷ Trias trở về sau đã có xu hướng tuyệt chủng, chỉ còn một số ít loại duy trì ít thay đổi trong hơn một trăm triệu năm.
Bộ có vảy: Gồm các loài thằn lằn và loài rắn phát sinh từ đó, là các bò sát ưu thế từ kỷ Trias đến nay.
Bộ máng răng: Là các loài rồng nguyên thủy trong kỷ Trias, tổ tiên của các nhánh đôi lỗ chiếm ưu thế trong kỷ Mesozoic.
Pterosaur
Bộ cá sấu: Là các bò sát nửa nước có nguồn gốc từ cuối kỷ Trias và tồn tại cho đến nay.
Bộ pterosaur: Là các bò sát biết bay từ kỷ Jura đến kỷ Creta.
Bộ khủng long có xương chậu giống thằn lằn.
Bộ khủng long có xương chậu giống chim.
Thẻ động vật: Rùa nguyên thủy, Pterosaur, Kenhs thú, Bộ thủy khổng, Bộ cá sấu, Bộ pterosaur, Bộ khủng long có xương chậu giống thằn lằn, Bộ khủng long có xương chậu giống chim, Bộ mỏ quạ, Bộ có vảy, Bộ máng răng, Bộ cupuliformis, Bộ rùa, Bộ trung long, Bộ panlong, Bộ thú lỗ, Bộ nguyên long, Bộ thằn lằn vây, Bộ khiên răng, Bộ cá long
